Z czasem jej kariera zaczęła się załamywać. W 1990 roku miała poważny wypadek, po którym długo nie mogła się pozbierać. Nie mogła pracować i znalazła się na skraju bankructwa, poruszała się na wózku inwalidzkim. Po dwóch latach walki o zdrowie udało jej się wrócić do zawodu. Niestety, w połowie lat 90. aktorka przeszła załamanie nerwowe. Media rozpisywały się o jej chorobie dwubiegunowej. W 1996 roku doszło do incydentu, o którym mówili wszyscy. 

Kidder od lat pracowała nad swoją autobiografią. Gdy jej komputer został zaatakowany przez koronawirusa aktorka straciła całą swoją pracę. Załamana pojechała do Los Angeles mając nadzieję, że specjaliści uratują jej książkę. Gdy się nie udało, aktorka przeżyła kolejne załamanie, była przekonana, że były mąż chce ją zabić. Margot Kidder zniknęła na kilka dni. Gwiazda przebrała się w brudne ubrania, ścięła włosy i udawała bezdomną. "Spałam na podwórkach i werandach całkowicie przerażona" - wspominała później.