Hannigan przyszła na świat 24 marca 1974 roku. Już w wieku czterech lat zaczęła występować w reklamach. Gdy miała 14 lat, zagrała w komedii science-fiction "Moja macocha jest kosmitką". Od tego czasu regularnie pojawiała się w kolejnych filmach i serialach telewizyjnych. Dorabiała jako opiekunka do dzieci, między innymi u Boba Sageta, gwiazdora "Pełnej chaty", z którym później zagrała w "Jak poznałem waszą matkę". Cierpliwie czekała na przełom w karierze. Ten nadszedł w 1997 roku.
"Buffy — Postrach wampirów" i nieśmiała wiedźma
"Buffy — Postrach wampirów" narodziła się jako film pełnometrażowy z 1992 roku. Jej pomysłodawca, Joss Whedon, nie był jednak zadowolony z efektu końcowego. Dlatego postanowił zacząć od nowa, tym razem z myślą o telewizji. Stwierdził, że tytułowej bohaterce brakowało sympatycznych znajomych na drugim planie. Jedną ze stworzonych przez niego postaci była Willow, rówieśniczka protagonistki i jej najbliższa przyjaciółka. Nieśmiała i zamknięta w sobie kontrastowała z odważną i pewną siebie Buffy.
W pilocie w Willow wcieliła się Riff Regan. Producenci nie byli jednak z niej zadowoleni i zażądali ponownego obsadzenia postaci. Hannigan dostała rolę po siedmiu przesłuchaniach. Od początku nie chciała zagrać Willow jako nieśmiałej, bolejącej nad swoim losem nastolatki. Postanowiła naznaczyć ją swego rodzaju optymizmem, który byłby dla niej oparciem nawet w najgorszych chwilach.
Willow, która w kolejnych sezonach szkoliła się w magii, okazała się jedną z popularniejszych postaci w serialu i jego komiksowych kontynuacjach. Hannigan wcieliła się w nią także w spin-offie Buffy, "Aniele ciemności". Jedną z głównych ról grał tam Alexis Denisoff, który wcześniej wystąpił gościnnie w trzecim sezonie przygód pogromczyni wampirów. Para zaczęła się wtedy spotykać. 11 października 2003 roku wzięli ślub i doczekali się dwóch córek. Denisoff wystąpił później w "Jak poznałem waszą matkę", kolejnym serialu Hannigan.
Jej bohaterka przeszła także do historii telewizji przez jej związek z graną przez Amber Benson Tarą. Według Hannigan to była "piękna para". "Nie chodzi mi o to, że to dwie kobiety. To była piękna relacja między nimi" - mówiła podczas Oz Comic-Con w Australii w 2017 roku, podczas którego wraz z pozostałą częścią obsady świętowała 20-lecie serialu.
"American Pie" i dziewczyna ze szkolnej orkiestry
Rozpoznawalność przyniosła jej także rola Michelle w serii sprośnych komedii "American Pie". Hannigan wcieliła się w dziewczynę z licealnej orkiestry, która skrywa kilka tajemnic. Aktorka wystąpiła w czterech kinowych odsłonach serii — pierwszej trylogii oraz "Zjeździe absolwentów", w którym starzy bohaterowie powrócili po latach.
W 2019 roku podczas występu w talk-show Kelly Clarkson Hannigan przyznała, że fani "American Pie" wciąż cytują film w jej obecności. Szczególnie popularny jest dialog, w którym jej bohaterka wyjawia ze szczegółami, co zrobiła z fletem pewnego razu na obozie. "Miło, że ludzie wciąż utożsamiają mnie z filmem, który pamiętają, ale teraz mam dwie córki i gdy zaczynają mówić ten tekst, proszę, byśmy go nie kończyli. Naprawdę panikuję. [...] Nie chcę jeszcze przeprowadzać [z córkami] tej rozmowy" - śmiała się aktorka.
"Jak poznałem waszą matkę" i przedszkolanka Lily
W popularnym sitcomie "Jak poznałem waszą matkę" Hannigan wcieliła się w Lily, żonę najlepszego przyjaciela głównego bohatera. Łagodna przedszkolanka o artystycznej duszy podbiła serca fanów. Aktorka należała do głównej obsady programu w każdym z dziewięciu sezonów. Nie wystąpiła jednak we wszystkich odcinkach. Po narodzinach pierwszego dziecka zrobiła sobie przerwę w kilku epizodach czwartego sezonu.
Twórcy "Jak poznałem...", Carter Bays i Craig Thomas, przyznali w wywiadzie dla "TV Fest", że byli ogromnymi fanami "Buffy". Wszystko z powodu Rebeki, żony tego drugiego, która zaraziła wszystkich miłością do nastoletniej pogromczyni wampirów. "Ted jest oparty na Carterze, a Marshall na mnie" - mówił Thomas. "Lily oparliśmy więc na Rebecce. Powiedziałem jej, że piszemy pilot serialu, a jedną z bohaterek wzorujemy na niej". Żona scenarzysty nie była zachwycona. Żeby się z nim podroczyć, postawiła mu jeden warunek — ma ją zagrać odtwórczyni roli Willow.
Los chciał, że Hannigan rozstała się wtedy z serią "American Pie" i szukała innej komediowej roli. "Chciałam iść do pracy i śmieć się cały dzień, i wydurniać się, robić głupotki. Pierwsze sezony 'Buffy' takie były" - wspominała aktorka. "Potem zrobiło się mrocznie i chcieliśmy zniszczyć świat. To też było zabawne, ale... [...] Skończyłam 'American Pie: Wesele' równolegle z ostatnim sezonem 'Buffy' i przypomniało mi to, jak bardzo lubię komedie. Potrzebowałam odpoczynku od ciężkich tematów". W dalszej części wywiadu przyznała, że chciała po prostu pracować z zabawnymi ludźmi i samej dobrze się bawić. Rola w "Jak poznałem..." okazała się więc spełnieniem marzeń.
Po latach aktorka przyznała, że nie zgadzała się ze wszystkimi decyzjami twórców. Chodziło jej przede wszystkim o kontrowersyjny finał. "Nie uważałam, by Barney powinien się żenić" - stwierdziła w rozmowie z australijskim portalem News. "Lubiłam jego i Robin, ale w sercu zawsze chciałam, by ona skończyła z Tedem. Barney i Robin nigdy nie powinni wziąć ślubu". Zdradziła także, że finał serialu miał być pierwotnie dłuższy, ale ostatecznie skrócono go do pół godziny. Z tego powodu wiele rzeczy zostało wyciętych lub ograniczonych. "To był wyciskacz łez, ale tyle rzeczy wyleciało, przez co wszystko wydawało się za szybkie. Nie wiedziałam, co się dzieje".
Alyson Hannigan: Co się stało z gwiazdą "Jak poznałem waszą matkę"?
Po "Zjeździe absolwentów" z 2012 roku Hannigan wystąpiła tylko w trzech filmach kinowych, w tym w horrorze komediowym "I ty możesz być mordercą". Pojawiała się przede wszystkim w telewizji, zwykle w małych rolach. W 2023 roku wzięła udział w 32. edycji amerykańskiego "Tańca z gwiazdami". Dostała się do finałowego odcinka i ostatecznie zajęła piąte miejsce.
