W bazie marynarki wojennej zostają znalezione zwłoki. Na miejsce zdarzenia zostaje wezwany Gibbs i jego zespół. Tatuaż na ciele ofiary świadczy o tym, że jest to członek załogi łodzi podwodnej. Jedna z łodzi, Philadelphia wypłynęła rano z doku i Gibbs sądzi, że to właśnie na jej pokładzie znajduje się podstawiony terrorysta, który zabił marynarza i zajął jego miejsce. Gibbs i Kate przesłuchują pięciu nowych członków załogi, ale żaden z nich nie wydaje się być podejrzany. Ich odciski palców pasują do odcisków w aktach biura kadr w bazie, co oznacza, że terrorysta musi mieć tam swojego wspólnika. Tony i McGee dowiadują się, że jeden z pracowników działu kadr, Joshua Fox odszedł z pracy przed dwoma dniami. Agenci odwiedzają jego miejsce zamieszkania i zastają opuszczony dom a w nim zdjęcia i plany nuklearnych łodzi podwodnych. McGee ustala, że Fox planuje wprowadzić trujący gaz sarin do układu klimatyzacji łodzi podwodnej i w ten sposób uśmierci całą załogę. Agenci ustalają tożsamość terrorysty _ to podoficer Travis podający się za podoficera Drew. Travis i Fox należą do radykalnej komórki ekoterrorystów walczących o lepszy traktowanie wielorybów. Podczas próby zatrzymania na łodzi Travis popełnia samobójstwo. Agenci nie mogą odnaleźć małego pojemnika z trującym gazem. Podejrzewają, że Travis miał jeszcze drugi, pośmiertny plan ataku. Jego ciało zostało umieszczone w chłodni do czasu powrotu na ląd. Terrorysta połknął pojemnik z sarinem, który uwolni się, gdy temperatura spadnie do odpowiedniego poziomu. Gibbs i Kate odnajdują ciało terrorysty w chłodni i widzą, że jego żołądek pęcznieje. Z pomocą marynarzy umieszczają ciało w wyrzutni torped a następnie wyrzucają je do morza.
